Yapının tarihi, genel olarak kabul edilen görüşlere göre 4. ile 8. yüzyıllar arasına uzanıyor. İnşa evreleri ise üç ana dönemde inceleniyor: 5.- 6. yüzyıldaki ilk inşaat evresi, 1065 depremi sonrası onarımlar ve 1331 sonrası Osmanlı Dönemi değişiklikleri.
Hristiyanlık Tarihi İçin Kritik Önemi
Doğu-batı doğrultusunda dikdörtgen planlı ve üç nefli bir yapıya sahip olan kilise, Hristiyanlık tarihi açısından kritik bir öneme sahip. Yapı, 24 Eylül 787'deki 7. Konsil'in toplanma yeri olmasıyla bilinirken, muhtemelen Roma dönemine ait eski bir yapının temelleri üzerine inşa edildi.
Yapının iç mekânlarında, özellikle pastophorium hücreleri ve pandantiflerde fresk izlerine rastlanırken, kazılarda geometrik desenli döşeme mozaikleri ve opussectile tekniğindeki mozaik parçaları ortaya çıkarıldı.

Kiliseden Camiye Uzanan Asırlar
1331 yılında İznik'in Osmanlı egemenliğine geçmesiyle birlikte yapı, Orhan Gazi tarafından camiye çevrilerek yeni bir kimlik kazandı.
yüzyılda geçirdiği büyük bir yangının ardından, yapının onarımı ve önemli eklemeler yapılması için Mimar Sinan görevlendirildi. Caminin mevcut minaresi ve mihrabının bu dönemdeki kapsamlı restorasyon sonucunda eklendiği düşünülüyor. Türk döneminde yapılan bu eklemelerle birlikte, duvarlarda değişiklikler yapıldı ve narteks kısmı tek meyilli çatıyla örtülü son cemaat yerine dönüştürüldü.

Restorasyonla Gelen Yeniden Doğuş
yüzyıldan itibaren kaynaklarda bakımsız ve harabe görünümüyle anılan tarihi yapı, günümüze kadar gelen kalem işi bezemeler, mihrap çevresindeki çini ve alçı süslemelerle de dikkat çekiyor. Ayrıca batı duvarı ve minaredeki gemi tasvirlerinin yoğunlukta olduğu grafiti bezemeler, yapının zengin tarihi katmanlarını gözler önüne seriyor.
Aralık 2007'de başlayan kapsamlı restorasyon çalışmaları sonucunda yapı, 6 Kasım 2011'de, Kurban Bayramı'nın ilk günü sabah namazından itibaren, bir kısmı cami olarak yeniden hizmet vermeye başladı. İznik'in bu eşsiz tarihi mirası, böylece kültürel ve manevi kimliğini koruyarak geleceğe taşınıyor.



